益生菌不建议婴儿长期服用。婴儿肠道菌群处于动态平衡阶段，长期使用可能干扰自身菌群建立，特殊情况需在医生指导下短期使用。
1、菌群失衡风险持续补充外源益生菌可能抑制婴儿肠道原生菌群生长，导致依赖性。建议家长在医生评估后按疗程使用，症状缓解后逐渐停用。
2、免疫发育影响婴儿免疫系统需要接触多样菌群以促进成熟，长期单一补充可能削弱免疫训练。家长需优先通过母乳喂养帮助婴儿建立天然菌群。
3、潜在不良反应部分婴儿可能出现腹胀、排便异常等不耐受反应。若使用布拉氏酵母菌散、双歧杆菌三联活菌散等药物后出现不适，家长应立即停用并就医。
4、适应症限制仅建议早产儿、抗生素相关性腹泻等特定情况短期使用酪酸梭菌活菌散等制剂。健康婴儿无须常规补充，母乳中的益生元已能满足需求。
日常可通过母亲饮食多样化、避免过度消毒等方式帮助婴儿建立健康菌群，确需使用益生菌时应选择临床验证的婴儿专用菌株并严格遵医嘱。
