电子胃镜检查通常不会造成明显痛苦，但可能引起轻度不适。检查过程中主要不适感来源于咽喉反射、胃部充气膨胀以及器械移动刺激，这些反应因人而异，与患者耐受性、操作者技术熟练度、是否选择麻醉等因素密切相关。
多数患者在普通胃镜检查中仅感到咽喉部异物感或轻微恶心，类似进食过快引发的呛咳反应。检查前口服利多卡因胶浆可有效麻醉咽喉部，降低咽反射敏感度。胃内注气造成的胀气感在检查结束后通过打嗝可快速缓解，操作者控制注气量在300-500毫升范围内时，多数人可耐受。现代电子胃镜管径已优化至8-9毫米，配合吞咽动作能较顺利通过食道，检查时间通常控制在5-8分钟。
少数敏感体质或患有慢性咽炎、胃痉挛病史的患者可能出现较强不适，表现为持续干呕、流泪、出汗等自主神经反应。胃镜通过贲门时可能引发短暂心窝部绞痛，食管狭窄患者通过狭窄段时可能出现胸骨后灼痛。这些反应在检查结束后1-2小时内逐渐消失，选择无痛胃镜可完全避免上述不适，但需承担麻醉相关风险。
检查前4-6小时严格禁食可减少呕吐概率，消除紧张情绪有助于放松消化道肌肉。术后2小时内避免进食过热食物，出现持续胸痛或呕血需立即就医。定期胃镜检查对早期胃癌筛查具有不可替代的价值，建议高风险人群克服恐惧心理按时检查。
