耳朵根后面窝那里疼可能是智齿冠周炎、带状疱疹的早期、外耳道炎等原因引起的,建议对因治疗。1、智齿冠周炎:本病严重时会导致耳朵根后面窝那里疼。建议在医生的指导下使用甲硝唑、罗红霉素等药物治疗,待炎症控制以后再拔除智齿。2、带状疱疹的早期:如果受到疱疹病毒感染,在早期时可能会侵犯到耳大神经,导致其发炎,而发生耳朵根后面窝那里疼的现象。通常可以遵医嘱使用阿昔洛韦、盐酸伐昔洛韦等药物治疗。3、外耳道炎:病菌会导致外耳道黏膜出现水肿、充血等,当病情进一步发展时,就可能会导致耳道有疖肿,从而引起耳朵根后面窝那里疼。建议遵医嘱使用氧氟沙星、环丙沙星等药物治疗。