HPV感染转阴性后仍然有病毒存在可能是由于治疗不彻底、再次感染等原因导致的。一、原因1.治疗不彻底:如果患者在进行抗病毒治疗时没有按照医生的要求足量用药或者擅自停药,就会导致病情反复发作。建议患者及时到医院就诊,在医生指导下调整药物剂量和疗程,并且严格按照医嘱服用药物。2.再次感染:如果患者在治疗期间发生了高危性行为,则会导致病毒再次感染。此时需要避免发生高危性行为,同时还要注意个人卫生,勤换内裤等。二、治疗方法对于症状较轻的患者一般不需要特殊处理,定期复查即可。而对于症状比较严重的患者则可以在医生指导下使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗。必要时还可遵医嘱通过激光、液氮冷冻等方式进行物理治疗。还可能与免疫力低下有关,具体还需要根据引起的原因对症治疗。