蛤蜊壳具有清热化痰、软坚散结、制酸止痛等功效，主要用于痰热咳嗽、胃痛泛酸、瘿瘤瘰疬等症状的辅助治疗。
1、清热化痰
蛤蜊壳性寒味咸，归肺经，能清泄肺热、稀释痰液。适用于痰热壅肺引起的咳嗽痰黄、黏稠难咯等症状，常与瓜蒌、浙贝母等配伍使用。现代研究表明其含碳酸钙等成分可调节呼吸道黏液分泌。
2、软坚散结
咸能软坚的特性使其对甲状腺结节、乳腺增生等结块类疾病有辅助作用。传统用法多配伍牡蛎、夏枯草等药物，通过抑制组织异常增生达到消散效果。
3、制酸止痛
所含碳酸钙可中和胃酸，缓解胃溃疡、反流性食管炎引起的烧心、胃脘疼痛。临床常与海螵蛸、瓦楞子同用，形成保护性黏膜层。
4、外用收敛
煅烧研磨后的蛤蜊壳粉可用于湿疹、溃疡等皮肤渗液性病变，通过钙离子沉淀作用减少组织液渗出，促进创面干燥愈合。
5、营养补充
含钙量达90%以上，可作为天然钙源辅助改善骨质疏松。但需注意其生物利用度低于有机钙，建议与维生素D配合使用。
使用蛤蜊壳时需辨证施治，脾胃虚寒者慎用，长期服用可能引起便秘。建议将煅制后的蛤蜊壳打粉入药，每日用量不超过10克，可配伍粳米煮粥食用以减轻寒凉之性。外用宜选用无菌处理的精细粉末，避免直接撒布粗糙颗粒造成皮肤损伤。存在相关症状时应先经中医师诊断，不可自行大量服用。