苹果醋可以给人体提供少量营养，但主要作用在于调节代谢而非直接补充营养。苹果醋含有有机酸、多酚类物质及微量矿物质，其营养价值主要来源于发酵过程中保留的苹果成分。
苹果醋的有机酸以醋酸为主，能促进胃酸分泌帮助消化，同时可能通过延缓胃排空速度增加饱腹感。发酵过程中产生的短链脂肪酸有助于调节肠道菌群平衡，部分多酚类物质如槲皮素具有抗氧化特性。每100毫升苹果醋约含5-15毫克钾元素，但远低于每日推荐摄入量，其他矿物质如镁、磷等含量更微。维生素含量在发酵过程中大幅降低，几乎可忽略不计。
长期过量饮用可能腐蚀牙釉质或刺激胃黏膜，每日饮用建议控制在15-30毫升并稀释5倍以上。糖尿病患者需警惕其中残糖对血糖的影响，胃食管反流患者应避免空腹饮用。苹果醋不能替代新鲜水果的营养供给，日常饮食仍需保证足量蔬菜水果摄入。
