醋能抑制病菌主要依靠其酸性成分和渗透压作用，通过破坏微生物细胞结构、干扰代谢功能实现抑菌效果。
食醋中的乙酸是发挥抑菌作用的核心成分，其解离产生的氢离子能降低环境pH值，使多数细菌无法在强酸环境下存活。当环境pH值低于4.5时，常见致病菌如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌的细胞膜稳定性会被破坏，细胞内的酶活性受到抑制，导致细菌生长繁殖受阻。食醋的渗透压作用会使微生物细胞脱水，细胞质浓缩后引发蛋白质变性。部分食醋含有的多酚类物质如槲皮素、儿茶素等，能穿透细菌生物膜，与菌体蛋白质结合使其失活。传统酿造醋中的有机酸复合物可协同增强抗菌效果，比单一乙酸具有更广谱的抑菌范围。
日常使用食醋清洁时，建议选择总酸度超过4％的酿造食醋，用于餐具消毒需保持5分钟以上接触时间。生食蔬菜浸泡建议使用1:3稀释的醋水溶液，处理时间控制在10-15分钟。需注意醋酸无法杀灭细菌芽孢及部分耐酸菌，对诺如病毒等无包膜病毒效果有限。高浓度醋酸可能腐蚀金属器具，使用后应及时用清水冲洗。有慢性胃炎或胃溃疡病史者应避免长期大量摄入醋制品。
