益生菌通常可以长期服用，但需根据个体健康状况调整使用方案。益生菌制剂的安全性主要与菌株特性、基础疾病、用药目的等因素相关。
健康人群在医生指导下长期补充特定益生菌株可能有助于维持肠道微生态平衡。临床常用的双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等制剂，其安全性已通过多项研究验证。这类益生菌主要通过竞争性抑制致病菌定植、调节免疫应答等机制发挥作用，常规剂量下较少出现不良反应。但需注意观察排便习惯改变等细微变化，适时调整补充方案。
存在免疫缺陷、严重器官功能不全等基础疾病者需谨慎长期使用。益生菌在极少数情况下可能引起菌血症或真菌血症，免疫功能低下患者风险相对增高。短肠综合征患者长期补充可能影响营养吸收效率。这类人群使用时应严格遵循医嘱，避免选择含肠球菌等条件致病菌的复合制剂，并定期监测感染指标。
建议根据肠道症状变化周期性评估益生菌补充的必要性。日常可优先通过酸奶、泡菜等发酵食品获取益生菌，若需长期服用制剂，应选择经临床验证的单一菌株产品，避免频繁更换品牌。出现腹胀加重或新发过敏症状时应及时停用，必要时进行肠道菌群检测指导精准补充。
