有胃肠炎时一般不建议吃甲鱼。甲鱼属于高蛋白、高脂肪食物，可能刺激胃肠黏膜，不利于炎症恢复。
胃肠炎发作期消化功能较弱，甲鱼富含的动物性蛋白和脂肪需要较多消化酶分解，可能加重腹胀、腹泻等症状。其胶质成分黏腻难消化，容易滞留在肠道内发酵产气，诱发腹痛或恶心。部分患者对甲鱼中的异种蛋白敏感，可能引发过敏反应，出现皮肤瘙痒或呕吐。甲鱼汤中的嘌呤和胆固醇含量较高，可能刺激胃酸分泌，加重反酸烧心感。烹饪时若添加辛辣调料，会进一步损伤受损的胃肠黏膜。
个别胃肠炎恢复期患者若无明显症状，经医生评估后可少量食用清炖甲鱼。需彻底煮烂去除油脂，避免添加黄酒、辣椒等刺激性调料。合并高尿酸血症或胆囊疾病者应严格忌口。食用后出现腹痛加剧或排便异常需停止进食。
胃肠炎期间建议选择低脂易消化的食物如米粥、面条，适量补充电解质溶液。症状持续超过3天或出现发热、便血需及时就医，避免自行服用止泻药物掩盖病情。日常注意饮食卫生，避免生冷油腻食物刺激。
