花脸番茄可能对人体造成轻度刺激、过敏反应、胃肠不适及潜在农药残留危害，主要风险包括接触性皮炎、消化系统症状、过敏体质诱发反应和化学物质暴露。
未成熟番茄表皮含龙葵碱，直接接触可能导致皮肤红斑瘙痒，建议接触后立即用清水冲洗，过敏体质者需避免徒手处理青番茄。
食用未完全成熟的花脸番茄可能引发腹痛腹泻，因其中生物碱会刺激胃肠黏膜，烹饪时需确保番茄完全熟透，出现症状可服用蒙脱石散等胃肠黏膜保护剂。
番茄表皮残留的花粉或植物蛋白可能诱发荨麻疹等过敏症状，既往有植物过敏史者应去皮食用，急性过敏需使用氯雷他定等抗组胺药物。
畸形生长部位易积聚农药，长期摄入可能影响肝功能，建议选购正规渠道产品并充分浸泡清洗，必要时可检测肝脏转氨酶水平。
处理花脸番茄时应佩戴手套，烹饪前去除变色部位并用小苏打水浸泡，出现持续呕吐或皮疹需及时就医。
