真菌肠炎可能由免疫力低下、长期使用抗生素、基础疾病影响、环境暴露等原因引起，可通过抗真菌药物、调整饮食、控制基础病、改善卫生条件等方式治疗。
1、免疫力低下艾滋病、糖尿病等疾病或放化疗导致免疫功能受损，肠道菌群失衡易诱发白色念珠菌等感染。需针对原发病治疗，可遵医嘱使用氟康唑、伊曲康唑、制霉菌素等抗真菌药物。
2、抗生素滥用长期广谱抗生素使用破坏肠道正常菌群屏障，真菌过度繁殖。应规范用药周期，必要时补充益生菌，严重时需停用抗生素并采用两性霉素B等药物治疗。
3、基础疾病炎症性肠病、恶性肿瘤等慢性病可能伴随肠黏膜损伤，增加真菌定植概率。需控制原发病进展，联合使用伏立康唑等药物，同时监测肝肾功能。
4、环境暴露接触霉变食物或潮湿环境可能摄入曲霉菌等致病真菌。须加强食品卫生管理，免疫功能缺陷者需避免高危暴露，必要时预防性使用抗真菌药物。
日常需注意饮食卫生，避免生冷食物，免疫力低下人群建议定期进行粪便真菌检测，出现持续腹泻伴发热应及时就医。
