小脑扁桃体下疝畸形是因为胚胎期大孔区的发育异常,使得小脑扁桃体向下延伸,经枕大孔突入颈椎管,由于小脑扁桃体下疝,使第四脑室出口发生梗阻,从而引起脑脊液循环障碍。继发了脊髓空洞症,这种疾病发病隐匿,进展缓慢,临床上早期可表现为上肢自发性麻木、疼痛,肢体受凉时尤为明显。随着病情的进展,则出现脊髓空洞及其典型症状,即表现为上肢或胸背部疼痛、温觉障碍,也就是针扎、刀割不知道疼,感觉不出来冷热。部分患者尚有行走不稳,严重时可伴有手掌的肌肉及上臂内侧的肌肉萎缩,可以出现吞咽困难,饮水呛咳或下肢无力、大小便失禁甚至截瘫,该病可伴有其他畸形,如脊柱侧弯,寰枢椎不稳,脊髓栓系等。