先天性喉蹼手术后一般不会出现后遗症，但少数情况下可能发生声音嘶哑、呼吸困难或瘢痕增生等问题。先天性喉蹼是胚胎发育异常导致的喉部膜状结构，手术是主要治疗方式。
多数患者术后恢复良好，喉部功能可完全恢复正常。手术通过切除异常膜性组织并重建喉腔结构，能有效改善通气与发音功能。术后配合规范护理和语言训练，多数儿童可达到与同龄人相近的语言发育水平。术后短期内可能出现轻微声音沙哑或进食呛咳，通常1-3个月可逐渐缓解。
少数患者可能因瘢痕体质或手术范围较大，出现持续性声带粘连、喉腔狭窄等并发症。瘢痕增生可能导致气道再次狭窄需二次手术干预，声带闭合不全可能引起长期声音嘶哑。极个别复杂病例可能因喉软骨发育异常，术后仍需长期随访观察呼吸功能。
建议术后定期复查喉镜评估恢复情况，避免剧烈哭闹或喊叫。家长需注意观察孩子呼吸频率、声音变化及进食状态，出现异常及时就诊。术后3-6个月内可进行专业嗓音训练，帮助声带功能恢复。保持环境湿度适宜，避免呼吸道感染，有助于减少喉部刺激。